Конференція Високопродуктивні обчислення, Київ, 13-15 жовтня 2014

Вийшов GROMACS 4.6-beta 1

3 грудня 2012

Один з розробників пакету GROMACS Марк Абрахам оголосив про вихід першої бети GROMACS 4.6.

GROMACS — популярний пакет для моделювання молекулярної динаміки, орієнтований на системи, які складаються з біомолекул, як білки, нуклеїнові кислоти та ліпіди.

Серед конкурентів він відрізняється продуктивністю та зручністю, зокрема, більшою кількістю утиліт для аналізу найрізноманітніших параметрів траєкторій.

Ключові нововведення:

  • Нова реалізація інтерфейсу для природного використання GPU. Раніше можна було використовувати лише один GPU через бібліотеку OpenMM, при цьому було ускладнено використання неявних розчинників, оскільки параметри OBS були фіксованими у вихідному коді бібліотеки.
  • З’явилось використання гібридної паралелізації MPI/OpenMP.
  • Підтримка інструкцій SSE2, SSE4.1, 128-bit AVX з FMA (AMD) або 256-bit AVX (Intel) дає 40% приросту продуктивності на системах з процесорами AMD.
  • Значні покращення у системі балансування навантаження.
  • Новий модуль для розрахунку вільної енергії.
  • Повних перехід на систему збірки CMake.

Теги: AMD, GPU, GROMACS

Матеріали за темою:

Коментарі